La presente investigación, busca mostrar que a partir de la Pandemia de COVID-19, el sistema pedagógico, aceleró la necesidad de adaptar la enseñanza a nivel superior a través de un sistema complejo, caracterizado por la presencia de una gran multiplicidad de factores concurrentes, tanto en el nivel de procesos individuales, (sujetos), como en los procesos interpersonales, (enseñanza-aprendizaje) y en la cuestión organizativa, (estructura dinámica de los sistemas educativos). Es por ello que,  se pretende dar a conocer las notas características y nuevas perspectivas que desde la complejidad la pedagogía ha tomado, para combatir el reduccionismo positivista (social y pedagógico) a simples sistemas mecánicos en los que la previsión y la manipulación imperan, y la nueva adaptación existente de un marco metodológico transepistémico que ha permitido abordar el fenómeno educativo complejo, dando cuenta de la innovación y la creciente búsqueda de enfrenarse a realidades complejas, como lo sigue siendo la Pandemia de COVID-19.  La metodología que se emplea en el presente trabajo comienza con la precisión de la enseñanza como sistema complejo para posteriormente abordar el análisis de los factores concurrentes en la enseñanza universitaria, así como su impredicibilidad y caos. Posterior a ello se analizará su retraducción educativa partiendo del enfoque sistémico y autopoiético; para dar paso a la transcomplejidad y transepistemología de la enseñanza.