En este trabajo se reporta la obtención de nanopartículas de alginato-quitosano (Nps Alg-Qs) por el método de gelificación iónica asistida por ondas ultrasónicas. Con el objetivo de obtener partículas poliméricas de aproximadamente 500 nm, ambos biopolímeros previamente fueron hidrofobizados químicamente (10 %) para cambiar el balance hidrofílico-hidrofóbico de ambos polisacáridos. Por un lado, el alginato se modificó con 1-decanol (mAlg) mediante una reacción de esterificación, mientras que el quitosano se modificó con ácido octanoico (mQs) mediante una reacción de amidación. El éxito de la reacción fue corroborado por espectroscopía FTIR-ATR. Las nanopartículas se obtuvieron mezclando diferentes volúmenes de solución de Alg, Qs, mAlg y mQs, para obtener una relación Alg/Qs en el rango de 1.4 a 2.6 (p/p), ajustando el pH de las disoluciones de alginato y el quitosano a 4.5 y 5.2, respectivamente). Se utilizaron DLS, AFM y potencial zeta para determinar el tamaño hidrodinámico, la forma y la carga superficial de nanopartículas de alginato-quitosano. Las nanopartículas mostraron una forma quasiesférica con tamaños hidrodinámicos entre 400-600nm y un potencial zeta de -39 mV a -45 mV. El ensayo de estabilidad coloidal en disolución acuosa demostró que las formulaciones de mAlg-Qs son estables hasta por 7 días. Con base estos resultados, las Nps Alg-Qs mostraron características favorables para una posible aplicación en el campo de la biomedicina como sistemas de transporte-carga-liberación de bacteriófagos y fármacos.