El chile chiltepín (C. annuum var. glabriusculum) está catalogado como planta silvestre debido a su alta plasticidad fenotípica entre sus distintas poblaciones, por lo que su estudio genómico es de relevancia para su fitomejoramiento mediante técnicas de ingeniería genética. En el National Center for Biotechnology Information (NCBI) solo se encuentra descrito un genoma mexicano del estado de Querétaro del chile chiltepín (GenBank: GCA_000950795.1). En el presente estudio se secuenció el genoma completo del chile chiltepín chihuahuense para ensamblador y realizar estudios genómicos. Se utilizó el genoma de referencia Zunla-1 (RefSeq: GCF_000710875.1), como llevar a cabo una llamada de variantes que consiste en identificar los SNPs (Single nucleotide polymorfism) presentes en los genomas de Chihuahua y de Querétaro. Posteriormente se realizó un análisis de genómica comparativa entre ambos genomas. Se identificaron 19,506 genes con 90,060 SNPs para el genoma de Chihuaha y 16,309 genes con 68,317 SNPs para el genoma de Querétaro.