La microbiota es el conjunto de microrganismos que pueden tener un efecto benéfico en un huésped. Se ha documentado la relación entre la microbiota del tracto genital inferior y diversas enfermedades ginecológicas, como lo es la endometriosis y las enfermedades cervicales relacionadas con el virus del papiloma humano (VPH). Al caracterizar la microbiota vaginal, es posible definir un estado de eubiosis (buena salud microbiana) y de disbiosis (desequilibrio microbiano). El objetivo de esta investigación fue describir la microbiota cervicovaginal en pacientes con atención ginecológica de la región del Valle del Mezquital del Estado de Hidalgo.  A partir de 89 pacientes que acudieron a la práctica clínica, fue realizada la toma de células cervicales mediante raspado por personal ginecológico, fue aislado el ADN y realizadas las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa PCR y electroforesis en gel para la identificación de Lactobacillus, Actinobacterias y Bacteroidetes.  Los resultados han demostrado una diferencia en la abundancia relativa entre los filos bacterianos presentes entre los grupos de mujeres VPH (-) y VPH (+); en el caso de los Lactobacillus en las muestras VPH (+) se observó un 28% más de abundancia de este filo, mientras que en las Actinobacterias se presentó una abundancia de 35% más este mismo grupo, en patrón similar fue observado en el caso de las muestras Bacteroidetes con una abundancia mayor del 25% en VPH (+). Esto comprueba la modificación de los filos bacterianos de la microbiota por la presencia de algún padecimiento ginecológico como VPH, lo que hace suponer que este aumento pueda relacionarse con un estado protector frente a la presencia del virus.