La contaminación por hidrocarburos es un desafío multifacético, tanto de índole ambiental, sanitario y, económico. El uso de organismos hidrocarbonoclastas como agentes biorremediadores es un campo de estudio que ofrece una alternativa biotecnológica prometedora para tratar esta problemática. Aislamientos bacterianos oriundos a Ciudad Juárez, una localidad situada dentro de un desierto, fueron obtenidos del suelo de un taller de carrocería automotriz (“TCA”, siglas que fueron utilizadas para nombrar a los aislamientos) tras ser seleccionados por su habilidad para crecer en “thinner” que es una mezcla de hidrocarburos y componentes volátiles. Los aislamientos presentan dos morfologías coloniales claramente distinguibles: el aislamiento TCAm, por su apariencia mucosa, consistencia húmeda y forma circular; y TCAr, debido a su apariencia rugosa, consistencia seca y forma inusual similar a la de un cráter. La secuenciación de su respectivo gen ribosomal 16S indica que ambos aislados pertenecen al género Pseudomonas; sin embargo, las notables diferencias morfológicas presuponen cepas o incluso especies diferentes. Por ello, con el fin de robustecer la identificación biológica de TCAm y TCAr, se utilizaron métodos de caracterización fenotípica (principalmente mediante pruebas bioquímicas a través del sistema de identificación automática de organismos VITEK® 2) y genotípica, por secuenciación y análisis de amplicones asociados a tres genes constitutivos (recA, rpoB, y rpoD). La descripción fenotípica por las pruebas bioquímicas identificó a TCAr como posible Pseudomonas stutzeri, mientras que TCAm no pudo ser asociado a ninguna especie. El análisis genotípico reiteró la similitud a cepas de Stutzerimonas stutzeri confer P. stutzeri. De esta manera, se identificó a los organismos TCAm y TCAr como cepas de S. stutzeri, a los que se pretende seguir estudiando con el objetivo de dilucidar su capacidad hidrocarbonoclástica y la relación con su ambiente nativo desértico, Ciudad Juárez.