Uno de los principales retos en salud pública son las enfermedades infecciosas causadas por múltiples cepas de un mismo patógeno. Los dos mecanismos evolutivos principales para el surgimiento de nuevas cepas son la deriva y salto antigénicos, los cuales producen cambios antigénicos sutiles y significativos, respectivamente. En el presente trabajo, se propone un modelo matemático estocástico con múltiples cepas, donde estas son representadas en un espacio discreto de una dimensión e interactúan mediante inmunidad cruzada parcial. Además, se implementa un mecanismo de mutación por medio de saltos estocásticos. Generando realizaciones estocásticas del modelo, se analiza la frecuencia con la que surgen nuevas cepas y pueden producir un brote epidémico significativo. También, el tamaño máximo de dichos brotes es analizado en relación el tamaño de mutación que los generaron. Estos análisis sugieren un posible mecanismo para explicar los patrones vistos en epidemias reales.