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Los manglares de Baja California Sur se ven amenazados principalmente por factores climatológicos y antrópicos. En este trabajo se analizaron 84 puntos, en ambas costas del estado. Para la determinación de bacterias multirresistentes se empleó el cultivo por picadura en medio con siete grupos de antibióticos. Se analizó la presencia de trece genes de resistencia a antibióticos por PCR de cepas multirresistentes y de sedimento de manglar.  Además, se seleccionó un grupo de bacterias multirresistentes (<4 antibióticos) para secuenciación. Se determinaron 114 cepas multirresistentes, donde el perfil de multirresistencia más frecuente fue Ampicilina/Cloranfenicol/Cefotaxima (n= 10). Los elementos genéticos más abundantes fueron tetA y Sul2, respectivamente. La mayor parte de los aislados secuenciados pertenecían al filo de Firmicutes.  A partir de los resultados obtenidos se demostró poca relación entre los elementos genéticos y la representación fenotípica de resistencia y la posible ventaja evolutiva de los aislados secuenciados.