El Virus del Papiloma Humano es transmitido principalmente por contacto con la piel genital o fluidos, las estadísticas han demostrado que al menos el 50% de las personas que han tenido relaciones sexuales podrán adquirir esta infección. Han clasificado un conjunto de genotipos de alto riesgo de los cuales el 16 y el 18, pueden desencadenar el cáncer principalmente cervicouterino. En esta se propuso como objetivo: Evaluar el efecto simbiótico entre la microbiota cervicovaginal y la presencia de VPH genotipos 16 y 18 en un grupo de pacientes de la región del Valle del Mezquital del estado de Hidalgo, para ello fue utilizado PCR punto final semicuantitativa para la detección de VPH y sus genotipos, así como para la identificación de Lactobacillus, Actinobacterias y Bacteroidetes. Lo resultados indicaron mayor incidencia de VPH 18 en un 74.47 % mientras que el VPH 16 representó el 6.38 % y el 19.15 % no se logró clasificar en ninguno de los genotipos con los que se trabajó. Una vez realizada la ANOVA no se encontró una diferencia significativa para relacionar la microbiota con base al genotipo presente, pero si se identificó una variación en abundancia relativa.